eng
Matemaatilise statistika tugiteenistus
Füsioloogia labori tugiteenistus
Molekulaaranalüüside ühendlabori tugiteenistus

www.ut.ee » Peamenüü » TUGITEENISTUSED » Molekulaaranalüüside ühendlabori tugiteenistus
Print
Molekulaaranalüüside ühendlabori tugiteenistus
teksti autor: Urmas Kõljalg ja Urmas Saarma 14.10.2014


Teenistuse eesmärgiks on elurikkuse uuringutes kasutatavate molekulaarbioloogiliste meetodite rakendamine ja kättesaadavaks tegemine Bioloogilise mitmekesisuse tippkeskuse uurijatele ning kraadiõppuritele. Teenistus sisaldab endas nii konsultatsioone kui ka analüüside praktilist teostamist laboris ning saadud andmete analüüsi ja andmebaasistamist. Molekulaaranalüüside ühendlaboril on kaks laborit: 1) mükoloogia õppetooli molekulaarlabor, mis asub Ravila tn 14a ruumides 1015 ja 1016; ja 2) zooloogia õppetooli molekulaarlabor, mis asub Vanemuise 46 ruumides 212 ja 213.

1. Seente ja taimede molekulaaranalüüside ühendlabor Ravila tn 14a ruumides 1015 ja 1016 on spetsialiseerunud DNA eraldamisele taime- ja seenekudedest ning sellele järgnevale PCR reaktsioonile ja tulemuste analüüsimisele - andmebaasistamisele. DNA sekveneerimist laboris läbi ei viida ja PCR produktid saadetakse sekveneerimisele vastavatesse firmadesse või keskustesse. Saadud toorsekventside analüüs toimub labori arvutitel. Materjal, millest DNA-d eraldatakse, on väga mitmekesine ja järgnev nimestik ei ole kindlasti täielik: taimejuured; taimejuurtes esinevate seente ja bakterite DNA; muld; surnud, sh. aastaid lagunenud taimekoed; seene viljakehad; samblike tallus; seente, samblike ja taimede herbaareksemplarid; seente eluskultuurid jm. Väiksemas mahus tegeletakse ka loomset päritolu DNA eraldamisega. Töö planeerimiseks ja läbiviimiseks saab laboris konsultatsioone järgmistel teemadel: 1) DNA eraldamise metoodika ja kasutatavad kemikaalid, sh. kemikaalide tellimine; 2) PCR-il kasutatavad praimerid ning DNA regiooni valik ja kasutatavad kitid; 3) PCR-i produktide ettevalmistamine ja sekveneerimisele saatmine; 4) DNA sekventside esmane töötlemine ja andmebaasistamine. Lisaks konsultatsioonidele aitavad FIBIR laborandid vajadusel läbi viia nii analüüsid kui ka PCR-i produktide saatmise sekveneerimisele. Doktorantide puhul eeldatakse, et nad teevad reaktsioonid ja analüüsid ise. Mahukamate analüüside läbiviimisel on doktorantidel võimalik kasutada ka laborantide abi. Selleks tuleb pöörduda Eve Laasiku või Urmas Kõljala poole (vt. kontakte allpool). Laboris töötamise sooviga tuleb esmalt pöörduda Eve Laasiku poole, kes koos laborandiga tutvustavad labori töökorda. Üldküsimused ja töö korraldus laboris – spetsialist Eve Laasik (e-mail: eve.laasik@ut.ee, telefon: 7376671). Praktiline töötamine laboris ja konsultatsioonid – FIBIR laborant Rasmus Puusepp (e-mail: rasmus.puusepp@ut.ee, telefon 56656401). Andmebaasistamine: Kessy Abarenkov (e-mail: kessy.abarenkov@ut.ee, telefon 7376175). Üldkonsultatsioon; Prof. Urmas Kõljalg (e-mail: urmas.koljalg@ut.ee, telefon 7376235)

2. Loomade molekulaaranalüüside ühendlabor (Vanemuise 46, ruumid 212 ja 213) on spetsialiseerunud väga erinevate loomarühmade evolutsiooniliste probleemide käsitlemisele (peamiselt fülogenees ja fülogeograafia) ja kaasaegsete loomapopulatsioonide geneetilisele analüüsile. Uuritavate loomade spekter on väga lai, ulatudes putukatest ja parasiitidest imetajateni. Laboris toimub kogutud koematerjali prepareerimine ja säilitamine. Selleks on olemas spetsiaalne lahkamisruum ning sügavkülmikud nii koe- kui DNA proovide pikaajaliseks säilitamiseks. Laboris toimub genoomse DNA eraldamine ja erinevate geneetiliste meetodite kasutamine (peamiselt PCR ja nn. real-time PCR). Laboris viiakse läbi ka DNA sekveneerimist, kuid kapillaarelektroforees teostatakse mujal. Labori juurde kuulub ka nn. vana DNA labor (Ravila 14a, ruum 2012), mis võimaldab kontaminatsioonivabas keskkonnas analüüsida vanadest loomaproovidest pärit DNA järjestusi. Töö planeerimiseks ja läbiviimiseks saab laboris konsultatsioone järgmistel teemadel: 1) projekti planeerimine ja hinnakalkulatsioon >2) milliseid meetodeid kasutada ja selleks vajalikud kitid, praimerid, kemikaalid, ensüümid ja laboritarvikud, sh. nende tellimine 3) PCR-il kasutatavate praimerite disainimine 4) genoomse DNA eraldamine, PCR-i läbiviimine ja sekveneerimine või sekveneerimisele saatmine 5) DNA järjestuste töötlemine, sh. fülogeneetiline analüüs erinevate meetoditega ja andmebaasistamine. Lisaks konsultatsioonidele aitavad labori teadurid vajadusel läbi viia ka analüüse ja aitavad kõigi esilekerkinud probleemide lahendamisel. Laboris töötamise sooviga tuleb esmalt pöörduda Urmas Saarma poole. Kontakt: vanemteadur Urmas Saarma (e-mail: Urmas.Saarma@ut.ee, telefon: 7375099, Vanemuise 46-214.)
Powered by AutomatWeb™ - Culture in Database Muuda dokumenti